Есть вариант что файл виртуальной машины не был в папке "VirtualBox VMs", и ушел в горы со всем удаленным, тогда нужно искать сканеры для поднятия, может по остаткам восстановит, по крайней мере на NTFS можно какими-то win-софтом попробовать, а тут все сложнее, вроде.
Но если честно, то из описания не очень ясно, мне, что куда копировалось.
Как я понял из файла виртуалки были вынуты нужные данные, а сам файл в небытие, если так то опять же, нужно попытаться выдернуть его в реальность.