отформатировать - не фат32(создать загрузочный раздел, первичный), переписать файлы, в буут.мап прописать флэшку как хдд0, с внешнего диска запустить SuperGrub немного пошаманить с грабом и готово. Что-то в этом плане когда-то проделывал, унетбутин хорош для лайфсиди а не для полноценной флэш-хдд загрузочной