Так если ось Windows - то ставьте - она сама его системным (т.е. загрузочным, если правильно говорить) сделает. Но вот после установки винды придется восстанавливать GRUB т.к. виндовый лоадер грузить умеет только винду (без доп плясок с бубном) и ставится автоматом (не спрашивая затирая GRUB). GRUB же от рождения умеет грузить не только линь, но и винду.