Если только для одной программы, то так(для gedit):
UBUNTU_MENUPROXY=0 gedit
Если для всей системы, то так:
sudo su
echo "export UBUNTU_MENUPROXY=0" > /etc/X11/Xsession.d/81ubuntumenuproxy
Для восстановления так:
sudo rm /etc/X11/Xsession.d/81ubuntumenuproxy
Если описанное выше не сработало, то с осторожностью (внимательно вглядываясь в список удаляемых пакетов по зависимостям, может удалиться ubuntu-desktop), можно попробовать удалить пакеты, ответственные за глобальное меню:
sudo apt-get remove appmenu-gtk appmenu-gtk3 appmenu-qt indicator-appmenu
P.S. А вообще оно удобное, место на экране экономит, попробуйте привыкнуть
