Скорее всего, ты уже удалил или изменил какой-то из файлов, поэтому скрип деисталяции не срабатывает.
Можно попробовал удалить с параметром --force, то есть:
sudo sh /usr/share/ati/fglrx-uninstall.sh --force
Если не получится, или этот параметр не поддерживается, то надо заново установить драйвер (если будет материться, то опять же с параметром --force), а затем деинсталировать.
Это большой недостаток проприетарного драйвера: если что-то пойдет коряво, то создается замкнутый круг - не можешь поставить, потому что какие-то файлы уже поставились, и не можешь удалить, потому что нету всех файлов.