У меня тоже два HDD и раз при установке ubuntu загрузка исчезла вообще. Стал разбираться и нашёл решение.
Итак. Windows стоит на /dev/sda, Ubuntu ставим на /dev/sdb.
Ставим Ubuntu так, чтобы grub устанавливал загрузчик на диск /dev/sda. В установщике Ubuntu выбрать режим установки "иное" и проверить в поле ввода, куда будет установлен grub.
Этого достаточно.
Можно переустановить только Grub. grub-install /dev/sda и update-grub - где-то так. И проверить в биос загрузку с заданного диска.
Что получилось у меня? Я "неправильно" (для установщика) разбил диск /dev/sda и установщику он не понравился, и он установил grub на /dev/sdb.
А как "правильно"? Ну, хоть вот так. Два раздела первичных, для винды, один расширенный и в нем всё для Linux. И диск sda стал люб для груба.