Да, забавный эффект. Такое ощущение, что при двух отдельных столах, оба почему-то запускаются на первом мониторе, а второй остается пустым.
Будем искать... (c) Бриллиантовая рука

Пользователь решил продолжить мысль 14 Ноября 2012, 07:25:36:
Во первых, gnome-shell-tweak показал, что у меня включен режим Workspaces only on primary monitor. Настройка явно по умолчанию, так что если не настраивали - у вас то же самое.
Во-вторых, после перехода на два монитора с отдельными столами при перезагрузке комп часто выходил в режим активной вентиляции и загружаться отказывался.
В-третьих, есть режим twinview, который расширяет один стол на два экрана и работает вполне сносно. Может его и использовать?