Сам так же долго мучался, пока не впитал, что ntfs в linux нестабилен при постоянной работе с ним, то есть, если разок к нему обратиться - скопировать что-то, перенести, то всё в порядке, но не более.
Выстраданный вывод - рабочие файлы на ntfs не хранить, хранить исключительно дистрибутивы/архивы/бэкапы/данные. То есть, как это ни печально, общих рабочих файлов/каталогов у Windows и Linux быть не может. Надо что отредактировать - копируйте в /home, или ещё куда, после окончания работ копируйте результат обратно на ntfs, тогда неприятностей не будет.