1. Что за источник ты проигрываешь? Такое только с одним файлом? Если так, то приведи под спойлером вывод команды
mediainfo имя_файла
2. «VLC» очень давно не дружит с «Pulse» (у меня, например, хрипит начиная с «Ubuntu» 10.04). В настройках «VLC» есть опция «Audio» → «Output Module», выставь её значение «ALSA Audio Output». Ниже опция «Device» — выставь значение «Playback/recording through PulseAudio sound server».

Нажми «ОК» и перезапусти «VLC».
Может помочь. Хотя могут возникнуть другие проблемы, но все по порядку…
3. Возможно следует сбросить конфигурацию «VLC». Если тебе до́роги настройки, то чтобы вернуть их в случае, если сброс не помог — сделай бекап папки
$HOME/.config/vlc
Сбросить настройки лучше через GUI — в настройках есть кнопочка «Reset Preferences». Нажми её и перезапусти «VLC». Убедись что настройки сбросились.