Никак.
Точнее, работать-то можно, например передвигать такие невмещающиеся окна. Если нажать кнопку Alt, а потом, не отпуская её, схватить мышкой за любое место окна (а не обязательно за заголовок), окно можно двигать. Или с помощью клавиатуры только: Alt-F7 и потом двигать стрелочками.
К сожалению, некоторые окна в некоторых версиях Убунты ведут себя, мягко говоря, «неадекватно»: тычешь мышкой в кнопку, а окошко
сначала перемещается в «правильное» с его точки зрения положение, а потом воспринимает нажатие. И под указателем может оказаться совсем другая кнопка.

В общем-то это порой раздражает, но жить можно. Я вот уже года 3 с половиной пользуюсь экраном 1024х600, и ничего. Хотя это от того зависит, какие программы вы используете. Может, с какими-то работать совсем невозможно, но мне такие почти не попадались либо не очень-то нужны были.