При старте иксов в /tmp создается файл указывающий что данный дисплей используется. После перезагрузки /tmp обычно очищается, следовательно что-то каждый раз как минимум создавало файл блокировки. Все же странно, что не получается найти виновника. Да и то, что была чехорда с 0 на 1 и обратно - это очень странно. Вряд ли "оно само" решится, так что проверьте все в автозагрузке, но больше сейчас не сделаешь.