Я нашел только 2 варианта работы с консольными приложениями:
1) Использовать встроенный в Qt терминал (Кроме как "Hello World!" еще ничего не пробовал об удобности судить не могу).
2) В настройках Qt - Инструменты->Параметры->Среда->Основные в поле ввода "Терминал" пишем xterm -e (вместо x-terminal-emulator -e).
Почему-то gnome-terminal не хочет работать с Qt Creator, решения я нагуглить так и не смог (вроде как ошибка висит на ихнем баг трекере), и тут очень даже мутный (для меня конкретно) вопрос "Кто виноват?" В интернетах озвучивалось что это какая то особенность gnome-terminal'а, гдето что виноват Qt Creator...Видимо вопрос не решен до сих пор (баг висит с 2010-го года) потому что нет острой необходимости в гномовском терминале, все прекрасно делается выше написанными вариантами, но все же..
p.s. Кстати сам процесс создается (видимо как дочерний в gnome-terminal'е), есть подозрения что проблемы с профилями терминала.. В общем ждем более опытного товарища для решения задачки )