dm-maz,
Можно. Сделать скрипт, который перед запуском скайпа даелает tsched=0, а после выхода возвращает все обратно. Ну и повесить ярлык на этот скрипт вместо скайпа. Я надеюсь, что рано или поздно проблему с пульсом в скайпе пофиксят.
Понятно, что при этом одновременно скайп и wine использовать с оптимальными настройками звука не получится.
Уменьшить треск в скайпе можно подбором параметров буфера, не выключая timer scheduling. Посмотрите мое решение в этом же разделе в теме про треск в VLC. Может поможет.