Юнити, честно скажем, находится еще в возрасте младенца, и умеет пока ну очень мало.
Можно попытаться найти решение через компиз, но не факт что это будет работать и в следующем релизе, а я как-то привык искать, по возможности, "долгоиграющие" решения.
Хотя, поддержка wmctrl в юнити тоже не полная

И может стать еще меньше...
