Попробуйте gtkpod, rhythmbox, banshee, но не факт что они заработают, iTunes с Linux не дружит никак. Да и вообще- зачем iPad подключать к компу? я думал он сам может всё что нужно качать, как самостоятельный комп. Если есть Wi-FI расшарьте папки на компе просто и iPad-ом ходите на них.