Часто работаю с ISP manager, у меня это дело выглядит так.
Захожу под рутом, далее в www домены, создать новый домен, далее во всплывающем окошке указываю пользователя, IP адрес, режим как будет работать php и.д. Жму ОК, и после этого автоматически создается каталог нового сайта в папке пользователя - где уже и размещаются файлы сайта. Это в том случае, если создаю сайт уже существующему пользователю. Иначе сначала создаю пользователя - там вроде бы тоже все просто.
Насчет прав, каталог который автоматически создается, имеет права 755 и владельца которого я выбрал при создании домена.
P.S Мне сервер уже настроенный достался по наследству.