Если надумаете писать свой лисапед, то можно попробовать такую идею.
Признаки, указанные ниже, со 100% гарантией выявят индентичные файлы.
1. Одинаковые по размеру файла
и
2. Одинаковые md5sum.
ЗЫ. Может быть, достаточно и 2 условия, но я бы не рисковал.
ЗЫ2. Еще есть утилиты типа diff.