Проделал следующее:
1. Запустил сервер через wol, выдернул сетевой кабель из роутера от компа через который запускал, после на сервере poweroff, всеравно перезагружается.
2. Запустил сервер через wol, выдернул сетевой кабель из рутера уже от самого сервера, после на сервере poweroff, перезагружается.
Выходит дело в самом сервере. И он как бы не перезагружается, а после выключения запускается секунды через 2-3 ...
И еще вопрос, когда это все настраивал, команду: update-rc.d -f wakeonlanconfig defaults
запускал несколько раз, быть может из за этого?