Всегда жизнь будет у C и C++, на них держится написание системного софта. C# в линуксе не особо уважаем, но тоже можно использовать.
C++ -> QtCreator. C# -> MonoDevelop. Чистый C, возможно, не стоит особого внимания, так как новые проекты начинают как минимум на C++ или Vala и за C остаётся доработка существующего, а для доработки сишных программ хватит знаний о C++.
Java весьма популярна и хороша, в том числе на серверах и для внутреннего софта различных организаций.