:'(Собираю программный комплекс для манипуляций с химическими данными в формате MDL MOL в чистом Linux Ubuntu-12.04-server(i386)...правда для переносимости-использую VirtualBox для эмуляции(само собой коннект через ssh(putty))-но врядли в этом проблема-скорее поверю в "проблему с разрядностью", который состоит с программы OpenBabel (
http://openbabel.org/wiki/Main_Page) и набора MySQL UDF-Mychem(
http://mychem.sourceforge.net/)(пользовательских функций разработанных теми же разработчиками(см. общество "Синий обелиск")). Гайды по установке перелопатил вдоль и поперек, но всё же проблема после установки существует... Для начала приведу лог инсталяции(много моментов внесено дополнительных,но и они не решают проблему)(во время установки системы дополнительно устанавливаю ТОЛЬКО OpenSSH):
-----------------------------------------------
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential mysql-server libmysqlclient-dev cmake libopenbabel-dev wget unzip cmake
cd /home/yura/
sudo apt-get install -y libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettext libz-dev libssl-dev
sudo /etc/init.d/apparmor stop
sudo service ufw stop
sudo apt-get install -y build-essential checkinstall g++
sudo apt-get install -y libxml2-dev zlib1g-dev pkg-config
sudo apt-get install -y libeigen2-dev libcairo2-dev wget dpkg posixtestsuite pgpgpg
sudo apt-get install -y mysql-admin gcc-4.4* mysql-client-5.1 mysql-client mysql-client-core-5.1
sudo apt-get install -y mysql-server mysql-server-5.1 mysql-server-core mysql-server-core-5.1
sudo apt-get install -y unzip python-dev libperl-dev libmysqlclient-dev libmysql++* libmysqld-dev
sudo apt-get install -y ncurses* libncurses* eigen3* pkg-config cmake
wget http://garr.dl.sourceforge.net/project/openbabel/openbabel/2.3.2/openbabel-2.3.2.tar.gz
tar -zxf openbabel-2.3.2.tar.gz
cd openbabel-2.3.2
sudo cmake .
sudo make
sudo make install
cd /home/yura/
wget http://freefr.dl.sourceforge.net/project/mychem/mychem/0.9.1/mychem-0.9.1.zip
unzip mychem-0.9.1.zip
cd mychem-0.9.1
sudo sed -i 's/iso9899:1990/gnu89/' CMakeLists.txt
mkdir build
cd build
sudo cmake -DLIB_INSTALL_DIR=/usr/lib/mysql/plugin/ ..
sudo make
sudo make install
cd /home/yura/
cd mychem-0.9.1/src/
mysql -u root < mychemdb.sql
-----------------------------------------------
После данных действий в терминале нормально реализуется такое:
----------
$ obabel -:"O=C(O)c1ccccc1OC(=O)C" -ocan
$ obabel -:"O=C(O)c1ccccc1OC(=O)C aspirin" -:"Oc1ccccc1C(=O)O salicylic acid" -ofpt
----------
Также в БД mysql есть таблица func с функциями Mychem:
| name | ret | dl | type |
+------------------------------+-----+--------------+----------+
| molfile_to_molecule | 0 | libmychem.so | function |
| molecule_to_molfile | 0 | libmychem.so | function |
... и т.д.
В ЧЕМ ПРОБЛЕМА:
$ mysql -u root
mysql> USE mysql
mysql> select version(),openbabel_version(),mychem_version();
+-------------------------+---------------------+------------------+
| version() | openbabel_version() | mychem_version() |
+-------------------------+---------------------+------------------+
| 5.5.29-0ubuntu0.12.04.1 | 2.3.2 | 0.9.1 |
+-------------------------+---------------------+------------------+
mysql> SELECT MATCH_SUBSTRUCT("cc","C(O)c1ccccc1OC(=O)C"); --функция Mychem для поиска совпадений
ERROR 2013 (HY000): Lost connection to MySQL server during query
При просмотре логов MySQL
$ sudo su; cat /var/log/upstart/mysql.log
появляется длинный список содержания:
==============================
*** Open Babel Warning in Translate
Cannot perform atom type translation: table cannot find requested types.
==============================
*** Open Babel Warning in Translate
Cannot perform atom type translation: table cannot find requested types.
...
Но это вроде только для этой функции(а она в моей задаче обязательна- остальные не критичны).
При попытке реализовать:
mysql> SELECT MOLWEIGHT("[C@@]123[C@H](C(C=C3)(C)C)CC[C@@](C1)(CCC2)C"); --подсчет мольмассы
+-----------------------------------------------------------+
| MOLWEIGHT("[C@@]123[C@H](C(C=C3)(C)C)CC[C@@](C1)(CCC2)C") |
+-----------------------------------------------------------+
| 0.000000 |
+-----------------------------------------------------------+
1 row in set (0.72 sec)
Результат не верный.
Текст cat /var/log/upstart/mysql.log состоит из строк типа:
==============================
*** Open Babel Error in openLib
/usr/lib/openbabel/2.3.0/freefracformat.so did not load properly.
Error: /usr/lib/openbabel/2.3.0/freefracformat.so: failed to map segment from shared object: Permission denied
==============================
*** Open Babel Error in openLib
/usr/lib/openbabel/2.3.0/gromos96format.so did not load properly.
Error: /usr/lib/openbabel/2.3.0/gromos96format.so: failed to map segment from shared object: Permission denied
==============================
*** Open Babel Error in openLib
/usr/lib/openbabel/2.3.0/opendxformat.so did not load properly.
Error: /usr/lib/openbabel/2.3.0/opendxformat.so: failed to map segment from shared object: Permission denied
...
Всовывал в скрипт
$ sudo chmod 777 -R /usr/lib/openbabel/2.3.0/
Какие есть соображения?
Под sudo su тоже проганял скрипт
Если что нужно уточнить- пишите либо сюда либо- Skype: tanateros89 , vk.com/tanateros , tanateros_pzas@bigmir.net
Help please
Тема: Mychem-не могу закончить сборку(возможно ошибка с правами) (Прочитано 2194 раз)
