Ссылку создаю, нажав правой кнопкой мыши на файле=>создать ссылку=>переношу ее на раб.стол.
Предполагая что ты новичок: это не те ссылки что в Win, это так называемые символические ссылки (symbolical link - symlink) их основное применение — создание копии файла в другом месте без копирования.
Когда ты пытаешься запустить ссылку на matlab.exe на рабочем столе, то ты, считай, запускаешь копию файла matlab.exe, естественно, остальные файлы Matlab'а недоступны, вот оно и не запускается…
Тебе не нужен тут симлинк, тебе нужен ярлык (файл *.desktop). Установи программу «alacarte»
sudo apt-get install alacarte
это редактор меню, там добавь пункт Matlab куда нибудь.
P.S. Matlab есть нативный под linux, как и Maple…