Спасибо.
Собственно всё получилось. Если вдруг кому пригодится, пишу как сделал.
Новый диск (3Тб) через утилиту gdisk я сконвертировал в GPT.
Далее взял старый не нужный HDD, отключил все диски от ПК, подключил только его.
В BIOS выбрал загрузку с UEFI CDROM, и поставил на него чистый Ubuntu server. Именно после этого в BIOS появилась
загрузка с "ubuntu". Всё дальше вынул временный диск, поставил все старые. Всё отлично работает, 3Тб диск видно!
Возможно это не самый просто способ переделать БИОС в GPT.