Ротация настраивается для всей службы в целом. Т.е. вы можете настроить так как вам нужно, но это "как нужно" будет работать одинаково для всех сайтов. В любом случае если вы хотите чтобы каждый день логи писались в отдельный файл - лично я думаю это удобно. Скорее всего и себе так сделаю. Как разберетесь выложите свое решение в ветке, может еще кому будет полезно.
Почитал статью по ссылке которую дал angul. Думаю что можно сделать и для каждого сайта в отдельности ротацию, но тогда придется логи сайтов держать в отдельных папках и соответственно писать отдельные скрипты для каждого сайта.