еще надо рассмотреть вопрос багов при запуске клиента онклоад - он запросто может не захотеть работать без прав root. Ответ не нагуглил, вопрос пока не решен.
В общем, при неосторожном запуске от рута создаются файлы-конфиги в .local/share/data/ownCloud, в общем, надо либо сносить, либо давать права пользователю. Тогда работает.
В вики в описании добавления репозитория для клиента синхронизации описано добавление репозитория не клиента, а сервера.
Онклоад-клиент игнорирует симлинки.