Первая проблема, оказывается, весьма просто решается. Нужно писать
su -c 'echo OFF > /sys/kernel/debug/vgaswitcheroo/switch'
так срабатывает всегда. Причём пробовал сначала sudo su -c '..' - так не работает.
По горячим клавишам заметил что слетает только комбинация с клавишей Win. Для опыта назначил событие на F1 - не слетает, в то время как события Win+Up пропали.