ksik, VPS (именно это. скорее всего имеется ввиду) я не пользовался. Судя по информации из интернета, там и правда даётся прямой доступ к root. Могу предположить, что сделано это с целью быстрого доступа к настройкам системы для администратора. При этом предполагается, что админ - профи и не должен ничего испорить. Можно ли создать второго root в VPS - не знаю, но в Убунтовском варианте - скорее всего нет.
Что касается защищёности файлов, то да, те что под root - защищены. Но только до тех пор, пока всем подряд не начинают раздоваться root-пароли. Разница же в доступе от Суперпользователя (root) и Админа в том, что Админ должен набрать sudo и свой пароль каждый (почти каждый) раз, когда хочет сделать что-то важное. А вот вход сразу от именит Суперпользователя уже ни у кого никаких паролей запрашивать не будет, в том числе и от стучащихся в порты зловредов. Результат - полностью беззащитная система.
Не знаю, что у вас там за планы, но всё это мне напоминает Чернобыль. Там людям тоже защита мешала проводить тесты и эксперементы. Что случилось после её отключения мы все знаем.
Удачи, она вам очень понадобиться.