Бывает, если вставили флэшку после запуска программы. А может она и правда не примонтирована (это можно сделать через "Дисковую утилиту"). Так же может бытть "не правильная" флэшка, от малоизвестного производителя. Или наоборот, слишком навороченная, с "секретными" разделами, сканерами отпечатков пальцев и т.д.
Ещё, как вариант. на один порт почему-то подсоединяются два устройства, например ещё и 3G-модем, и конфликтуют между собой.
О, ещё флэшка может быть не правильно отформатирована (надо в FAT32) или просто "битая".
Соответвенно, если одна из вышеуказанных проблем есть, устраните её, воткните правильныю флэшку и перезагрузите компьютер.
Какая флэшка (тип, модель, производитель)? Какая версия Ubuntu?
У меня программа видит флэшку и предлагает установить на неё Grub. Естественно, нужно соглашаться.