Похоже просто не вырубается питание USB-порта. Проверить просто: вставляете флэшку и выключаете компьютер (или отмонтируете флэшку). Если всё выключено, а огонёк на флэшке продолжает гореть - то это оно и есть. Как отключить, к сожалению не знаю, не задавался этим вопросом. Но по-мне, легче просто мышу и порта вынуть, или ноутбук от сети отключить, так как есть теория о том, что любое подключенное в сеть устройство, даже если активно не работает, потребляет некий небольшой объём энергии. Именно по-этому, в офисах, рекомендуется отключать все "Пилоты", особенно на выходные, и тем более, на новогодние каникулы.