C конфигом коньков попробовал пошаманить и понял, что не зря я эти опции добавлял. Никакой другой параметр own_window_type не подходит. Если убрать own_window, то рабочий стол начинает глючить, все, что на нем то исчезает, то появляется.
Предложенный вариант с настройкой компиза, тоже не повлиял.
Пользователь решил продолжить мысль 19 Апреля 2013, 15:44:05:
Нашел решение, надо конфиг коньков иначе написать.
Вот те опции, которые отвечают за правильную прозрачность.
own_window yes
own_window_class Conky
own_window_type normal
own_window_argb_visual yes
own_window_transparent yes
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager