В общем, нашёл я то, что искал. На wiki WorldOfWarcraft причём.
В моём случае это команда
env WINEPREFIX=%Путь к префиксу% %путь к бинарнику wine% reg add HKCU\\Software\\Wine\\Explorer /v Desktop /t reg_sz /d EmuDesktop
Почему-то достаточно неосвещённая функция. Возможно, потому что по запросу wine reg все выпадает что-то связанное с wine regedit foo.reg.
Мана не нашёл, пришлось ориентироваться на всплывающие help-ы.
Нужная команда, которая изменяет ключ без импорта-экспорта .reg файлов (ну не тру

):
wine reg [add | delete | query ]
Если ввести
$wine reg комманда /?
Получим ещё один help по команде, а именно синтаксис.
$wine reg add /?
REG ADD имя_раздела [/v имя_параметра | /ve] [/t тип] [/s разделитель] [/d значение] [/f]
Добавляет или изменяет значение.
Можно использовать в виде
REG ADD имя_раздела
Для создания раздела. (потому как все параметры в квадратных скобках опциональны ?

)
$wine reg delete /?
REG DELETE имя_раздела [/v имя_параметра | /ve | /va] [/f]
Удаляет ключ, раздел...
$wine red query /?
REG QUERY имя_раздела [/v имя_параметра | /ve] [/s]
Что бы это команда не делала... Моё понимание параметров внизу.
имя_раздела укороченное, например, HKCU\\Software для HKEY_CURRENT_USER\\Software .
/ve изменяет параметр "(по-умолчанию)". В команде reg delete вводит пустую строку.
/va задействует все параметры.(в команда reg delete удаляет все ключи в разделе, ключ "(по-умолчанию)" сбрасывает)
/t типы - REG_[sz|binary|dword|multi_sz|expand_sz] , соответственно строковый, двоичный, dword, многостроковой и вычисляемый строковой. Например, reg_sz - строковое значение.
Как пользоваться разделителями, я ещё не понял.
/f Что-то изменяет, что именно я тоже не понял ) . Если записать в reg add, выхлоп будет содержать в конце "1" вместо "0". В остальных не проверял.
Во всяком случае, вряд ли кому-то понадобятся эти параметры.