Как я понял - в 13.04 просто повысили безопасность. Если раньше gksu автоматически переходила в режим gksudo (потому, что в Ubuntu по умолчанию юзера root нету), то теперь они вообще решили отказаться от этой команды за ненадобностью. А разница между этими командами очень велика - gksu включает (там, где это можно) гномовский графический рутовый сеанс, аналогично su, а gksudo просто выполняет в гноме с правами суперюзера одну-единственную команду, аналогично sudo.