Я в винде решал подобную проблему просто, хотя не факт, что верно. У меня полноэкранный режим (и Ютиба, и VLC) ставился только на первом (читай - главном) мониторе. Видео - Radeon. В каталисте можно было поменять мониторы: второй сделать "главным". Это не очень удобно при работе с другими программами, но данную проблему решало. Возможно, в Ubuntu можно как-то подобным способом поступить?
P.S. А если поставить вид расширения на "не главные" мониторы - клонирование (Clone) - то все мониторы показывают одну картинку, видео открывается сразу на всех. Тоже не очень удобно, но тоже проблему решало.