Ошибки в ДНК не лечатся. Линукс одноранговая многопользовательская система, это означает, что все процессы имеют "родителя", пользователя от которого они запущены. При этом большинство процессов являются фоновыми (обслуживающие).
Теперь по сабжу - помойка в автозагрузке лечится прямыми руками при настройке, то есть добавляются строки завершения процессов при логауте, автоматом это не делается по вполне понятным причинам (например запущенный антивирус, торрент. скрипт синхронизации или обслуживания, когда без логаута к компьютеру могут получить доступ другие лица).
Это нормальное и грамотное поведение системы.