права на содержимое /var/www , с точки зрения безопасности, должны быть такими:
root:www-data, 770
пользователь user должен быть членом группы www-data
вроде так.
upd: или, если при заливании по фтп владельцем файлов становится user:user
ставь права
www-data:www-data, 770
и www-data добавь в группу user.