После обновления на 13.04 появилось.
2 монитора. Уводим полноэкранное окно на правый монитор, к примеру чат скайпа или браузер. При клике в другом приложении на ссылку браузер получает фокус, но оказывается при этом на левом мониторе. При клике на уведомление скайпа окно чата тоже получает фокус и тоже прыгает на левый монитор. Проявляется во всех установленных DE: unity, xfce, gnome. Работает с любым окном, развёрнутым в полный экран.
Если что, везде компиз. Лазил в настройки перерыл всё, не помогло. Расположение окон отключал, не помогло.