При аналогичной проблеме тоже сделал через rsync, это куда удобнее и весь архив гонять туда сюда не надо (у меня суммарно до 2 тб архивы, если бы я их каждую ночь гонял бы через инет было бы убийство, а так - чисто изменения летают). Авторизацию делайте по ключевому файлу.
"Как сделать так, чтобы если сервер удаленный недоступен, была загрузка в тот момент, когда он станет доступным, при этом с минимально возможной нагрузкой? (на сторонний ПК, при включении)" - разобраться с самим сервером, чтобы он был доступен всегда. Ну а если сразу после начала загрузки файла на сервер он вырубится то что делать? Так и не сохраниться бэкап.
Никакой скрипт вам тут не поможет, надо организационно, а не через костыли решить проблему с сохранением файлов.