Проще пареной репы, открываешь
gnome-terminal, в нем пишешь
cd пользуясь знаменитым drag&drop иконку каталога на терминал перетаскиваешь, у тебя в строке появился путь до каталога, жмешь
Enter, затем:
ls
#находим тут наш program.exe, затем
wine program.exe 2>&1
Где
program.exe имя твоей проги, может быть
setup.exe2>&1 нам нужна для перенаправления всех сообщений об ошибках в стандартный вывод, ежели будут ошибки, делаем так
wine setup.exe 2>&1|pastebinit
Если не установлен пакет pastebinit, установи, сцылку на то что выйдет сюда

Попробуй
mv ~/.wine ~/_wine
Потом снова запускай свои проги по вайном
Пробовал?
