А это вы себе окончательно запутали способ загрузки! Если вы хотите GRUB, то его надо размещать на реально существующем физическом диске, независимо от системы. Желательно, на самом первом. А ещё лучше - все диски делать не MBR, а GUID(UUID), тогда с их перестановками проблем нменьше. Далее - ваш внешний диск с Linux должен быть подключен уже на уровне BIOS мат. платы, т е. уже при загрузке. И до кучи - команду update-initramfs нежелательно применять отдельно от update-grub или update-grub2.