1. спасибо за ссылку, теперь понятно что это за символы
0D 0A и для чего они.
2. флаг ICANON убрал, теперь данные от микроконтроллера выводится в терминал (файл) сразу, также и МК получает без символов 0D 0A.
почитал про stty попробовал с разными настройками СОМ
проблема осталась одна - МК отправляет пакет и тут же его получает обратно.
Пользователь решил продолжить мысль 29 Июня 2013, 03:39:58:
проблема осталась одна - МК отправляет пакет и тут же его получает обратно.

разобрался и с этим вопросом с помощью stty убрал флаг -echo