Можно через minicom, если обмен в текстовом режиме (устройство /dev/ttyUSB* или /dev/ttyACM*). Там правда есть особенности с символом конца строки, в разных системах он разный. Еще бывает, что модуль ядра не поддерживает некоторые ф-ции переходника по управлению потоком. А если нужно из программы на C, то смотрите файловые дескрипторы и ф-ции "open" (открытие порта), "select" (проверка готовности io) и макросы "FD_ZERO", "FD_SET", "FD_ISSET". Если есть нужда работать с GTK, то потребуется еще почитать потоки и мутексы.