jeket, попробуйте сложить файлы в один каталог и скопировать его на флешку cp "имя каталога с адресом" "адрес где примонтирована флешка (куда копировать)"
Подробнее можно почитать
cp --help
NTFS для файлов свыше 2-ух гигов предпочтительнее (в винде был глюк, когда такие файлы просто не открывались), как сейчас с этим не знаю, но на старом не обновлённом компе с этим можно столкнуться. В Лине всё нормально.
Пользователь решил продолжить мысль 10 Июля 2013, 16:42:51:
Да, такое тоже может быть при плохом контакте (во время копирования флешка отошла, копирование прервалось и пошли глюки с файловой системой флешки) или при других неисправностях флешки.