Exx, куда угодно. Только conky придётся запускать с ключём -c путь до файла с расширением *.conky
И все скрипты (*.sh *.lua надо сделать исполняемыми).
Только я обычно создаю скрипт start_conky.sh и туда уже пишу все команды, которые надо выполнить при старте conky (у меня conky сложные и самописные (пока не доделанные) там надо кроме запуска conky ещё кое-какие процедуры предварительно выполнить).