Тут скорее не в играх дело, а в видюхе и ее драйвере. У меня Невидия и последний фирменный драйвер, и Wine часто меняет видеорежим не совсем гладко, тогда и спасает вирт.десктоп. Применяю его для игр, в которых разрешение меньше (но не намного), чем у моего монитора.
Еще он имеет смысл в старых играх с разрешениями 4:3, не имеющими оконного режима (навскидку не вспомню, извини).
И еще пригодился в Perfect World, где без него после Alt+Tab есть шанс не вернуться в игру; и еще в HL2, которая блокирует экран, и если она (или мод к ней) зависнет, то без вирт.десктопа приходится Alt+Ctrl+F1, killall hl2.exe итд, а с ним просто закрываю окно Wine.
Но этот разговор, думаю, лучше продолжать в личке.