Было такое. Это глючит клиент, они, наверное, опять там обновление выпустили, а на Linux-версию положили.
Решал так: входил на сайт через www, логинился, после этого, не выходя с сайта, логинился в Skype.
Лирика: ежедневный секс с подключением, равно как и последние новости о "Призме", отучили пользоваться этим приложением. Хотя иногда употребляю это зло.
Советую посмотреть в сторону SIP (qutecom) или Google Hangouts. Последнее очень впечатлило (под линем в качестве плагина для Chromium)