Можно попробовать, но учтите, что скайп всё равно будет идти напрямую, а не через Тор. Если нужно через Тор - ковыряйте настройки прокси в скайпе и заворачивайте его в Тор (не знаю, насколько это будет вообще работоспособно, да и мне в своё время так и не удалось настроить скайп для работы через прокси-сервер).
А по поводу браузера - смотрите там настройки, вкладка Приложения, вроде там как-то должно настраиваться...