1. Файлы не просто так лежат на разных дисках. Если они оказались
(при установке, как я предполагаю) на каком-либо диске,
то система именно там будет их искать.
2. Можно сделать так, чтобы все файлы были на одном диске, легче
всего это сделать во время установки, позже, на уже установленной
системе, оно сложнее.
3. Копировать не получается скорее всего потому, что обычному
пользователю не разрешено записывать что попало куда попало.
4. Вообще, приведите хотя бы пример: что где лежит и чего бы
вам хотелось.