У меня так:
Есть два раздела,
/dev/sda6 Здесь Ubuntu, и всё что ей нужно, тоесть корень файловой системы(/)
/dev/sda8 Это другой раздел, под файлы и прочую лабуду.
На /dev/sda8 есть каталог archives
Я всё делал из под Гуи.
В наутилусе на данном каталоге жмем "Создать ссылку" Make Link. Получаем "ссылку" на каталог.
Под рутом перемещаю все файлы из /var/cache/apt/archives/ в каталог archives, который на /dev/sda8 крутится.
Затем Удаляю /var/cache/apt/archives/
На его место кладу "ссылку" с тем же именем, т.е. archives.
Можно вообще отдельный диск под это завести, но зачем.