Похоже, виноват был жесткий диск.
При включении машины диск был виден, но после загрузки операционной системы диск почти сразу пропадал из списка устройств, и при попытках системы заново распознать его подозрительно всхлипывал.
Замена прошла без проблем, за время восстановления массива и при последующей работе симптомы больше не проявлялись.