Я Вас уверяю: самый страшный и опасный вирус - пользователь. От него нет антивирусов.
При правильной работе с линуксом вероятность получить непослушную систему стремится к нулю по отношению к такой же работе под виндой. Мы, естественно, говорим про систему в первоначальном виде, без систем защит и т.д. Если последние использовать, то отрыв ещё стремительней.
Правда надо учесть, что и винду и линукс пишут люди и ошибки в ПО обязательно есть. И без обновлений обе системы в итоге могут стать уязвимыми.