Глюку уже 15 лет. Берет он своё начало как минимум из Windows xp, в sp2 обещали решить проблему, выпускали какой-то фикс даже, который не помогает в наши дни и далеко не всегда помогал тогда. Баг возникал не только из-за наличия второй ос на компе, но и просто так.
Вообщем если заморочиться с решением проблемы - нужно заставить Ubuntu оставлять звуковуху в таком режиме, в котором её хочет увидеть драйвер для венды. На вскидку проблема в том, что драйвер для венды попросту не делает нужных проверок на старте, рассчитывая на то, что звуковая карта находится в таком виде, в котором он её оставил.
Лучшим способом все же будет выпиливание венды и невозвращение к ней. Никогда.